مرحوم خوانساری همواره مردی ساده زیست بود و با اینکه وی پرداخت شهریه طلاب تهران، مشهد، قم و نجف را بر عهده داشت هرگز در آنها تصرف نکرد و تا آخر عمر در منزلی اجارهای زندگی میکرد.
از دیگر اخلاقیات ایشان این بود که ایشان احتیاط را اصل مسلم زندگی خود قرار داده بود و احتیاط آیتالله خوانساری در امور شرعی زبانزد عام و خاص بود.
خصوصیت دیگر ایشان تواضعش بود، به طوری که هر کسی بر ایشان وارد میشد، مرحوم خوانساری با این سن کهن به احترامش میایستاد و مخصوصاً برای سادات احترامی بیشتر قایل بود.
از کرامات مرحوم خوانساری، ماجرای عمل جراحی ایشان است، که آیت الله خوانساری طبق اصول استنباطی خود معتقد بود مجتهد و مرجع تقلید هیچگاه نباید در حال بیهوشی باشد در غیر این صورت بعد از به هوش آمدن، تمام مقلدین باید دوباره نیت تقلید از او کنند. به این خاطر وقتی نیاز به عمل جراحی پیدا کرد، اجازه نداد او را بیهوش کنند. سورهای از قرآن را شروع کرد. تا سورهاش تمام شد، عمل جراحی نیز به پایان رسید بدون آنکه احساس درد در سیمای ملکوتیاش نمایان شود.
منبع: اعتقادات